La première mention de Hoenheim remonte à 742; en 884 le village apparaît comme une des propriétés des Bénédictins de Honau créé par les neveux de Sainte Odile. Dès 1457 Hoenheim revient à la famille des Uttenheim de Ramstein qui vont garder le fief jusqu'en 1681 où le village passe aux mains des Rathsammhausen von Stein. En 1689 le fief de Hoenheim revient à l'évêque de Strasbourg, puis en 1691 au maréchal de Chamlay. Lors de la Révolution Française en 1789 les hoenheimois se rallient aux révolutionnaires et rejettent le régime féodal, suite à quoi va naître la municipalité de Hoenheim où sera nommé le premier maire du village, Jean Schladenhauffen. La ville de Hoenheim fait partie de la Communauté Urbaine de Strasbourg CUS depuis 1967, aujourd'hui Strasbourg Eurométropole.